Όλα ξεκίνησαν στις αρχές της δεκαετίας του 1980, όταν το γυναικείο τμήμα πόλο του Εθνικού έκανε τα πρώτα του βήματα, όταν η Κολυμβητική Ομοσπονδία (τότε ΕΚΟΦ) αποφάσισε να συμπεριλάβει τις γυναίκες στα εθνικά πρωταθλήματα.
Το τότε δεν θυμίζει σε τίποτα το παρόν, καθώς το άθλημα σε γυναικείο επίπεδο ήταν ένα άγνωστο πεδίο στον ελληνικό υγρό στίβο, ενώ ο Εθνικός απέκτησε αθλήτριες υδατοσφαίρισης, οι οποίες προέρχονταν από το κολυμβητικό τμήμα.
Το σκουφάκι ήταν πάντοτε βαρύ, διότι στους άνδρες ο Εθνικός Πειραιώς ήταν ήδη «Αυτοκράτορας». Έτσι, οι γυναίκες του συλλόγου κατέκτησαν τρία πρωταθλήματα όταν το άθλημα άρχισε να αναπτύσσεται και το 1988 ήρθε η πρώτη κατάκτηση του πρωταθλήματος.

Σούλα Βογιατζή, Μαίρη Βούλγαρη, Τένια Βούλγαρη, Δώρα Ιωαννίδου, Ειρήνη Μαυρίδου, Ελένη Φούντα, Ντίνα Μαυρίδου, Άννα Χατζηγεωργάκη, Εύη Βαραμέντη, Βαρβάρα Φελλά, Βίκυ Γαλάτη, Υρώ Κοντοκοντή, Παναγιώτα Ζυμαράκου, Μαρία Δεμιράκου, Δήμητρα Κατόγλου είναι μερικά από τα ονόματα που πρωταγωνίστησαν στις κατακτήσεις του 1988, 1990 και 1992, με τον Αργύρη Κεχαγιά να είναι εκ των αρχιτεκτόνων των επιτυχιών, ενώ χρέη εφόρου είχε η Ντίνα Ζουμπουλίδου.
Τα χρόνια πέρασαν και ο Εθνικός από τις καταβολές του αθλήματος υπήρξε τροφοδότης της Εθνικής ομάδας γυναικών, με στόχο να επαναληφθεί αυτό στο άμεσο μέλλον.